中国税务征管机关就股权转让的指导意见显示，部分地方政府就投资类合伙企业的优惠税率将被更高的税率所取代。 这意味着，投资类合伙企业自然人出资人的税负将有所增加。
在个人所得税方面，地方政府就“合伙企业转让股票收入分配给自然人有限合伙人”征收20%个人所得税的方式将被纠正。
20%的个人所得税税率适用于“利息、股息、红利所得”或“财产转让所得”。税务征管机关认为，这是地方政府为发展地方经济、引进投资类企业而自行规定的。
税务征管机构认为，合伙企业转让股票所得，应按照“先分后税”的原则，按照合伙企业的全部生产经营所得和合伙协议约定的分配比例确定投资者的应纳税所得额。
这意味着，纳税人将比照“个体工商户生产经营所得”项目，适用5%-35%的超额累进税率征税。
针对合伙企业自然人合伙人税收的征收方式，税务征管机关认为应按个体工商户的生产、经营所得应纳税款，按年计算，分月预缴…年度终了后三个月汇算清缴，多退少补。并且，适用自行申报征收方式，不适用代扣代缴。
此外，税务征管机关认为自然人投资者从合伙企业中所获得的股息、红利不适用于相关优惠政策。
税务征管机关说，相关规定中，“个人从公开发行和转让市场取得上市公司股票，适用上市公司股息红利差别化个人所得税”中的“个人”不包括合伙企业的自然人合伙人。
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